阜阳市医药科技工程学校始建于1964年，先后举办安徽省旧县农技校、太和五七干校、太和五七大学、太和师范、太和旧县高中、太和农中、太和县第一职业高级中学，2015年6月被阜阳市人民政府批准改制为公办全日制普通中专学校。1993年被评为阜阳地区重点职业高中，1995年被评为安徽省重点职业高中，2005年被评为安徽省示范中等职业学校，2008年通过安徽省示范中等职业学校复评，2020年4月被安徽省教育厅列入省级示范特色中等职业学校重点建设学校。系安徽省现代农业职教集团理事单位、阜阳职教集团理事单位、安徽大别山职教集团理事单位、安徽省贫困地区劳动力转移培训基地。

学校坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持面向市场，面向生产一线，服务地方经济和社会发展。积极对接太和县现代医药、绿色新能源、发艺文化、塑化筛网等支柱产业，围绕“学校创品牌，教师养品位，学生修品能”的办学目标，以“品能教育”为依托，深化产教融合、校企合作和工学结合，培养具有综合职业能力的应用型、技能型、创新型中等技术人才。

 学校现有两个校区，校园面积303亩，建筑面积27778平方米，藏书12.8万册，电子图书60万册，报刊杂志105种，16个校内外实习实训基地；各类实验实训设备总价值1828.5万元；教职工187人（含外聘），专职教师179人，其中研究生学历19人，本科以上学历177人，高级职称64人，专业课教师110人，双师型教师77人。现有69个教学班，在校生4396人。

学校先后被授予“全国零犯罪学校”、“全国国防教育先进校”“安徽省文明单位”、“全省书法教育示范校”、 “阜阳市平安校园”、“阜阳市职业教育先进单位”等称号，近几年来，有260多位师生在省、市技能大赛中获奖；100多名学生在国家、省文明风采大赛中获奖。

通过举办“四节”，即“技能大赛节”、“读书节”、“艺术节”、“体育节”，形成了活泼向上、平安和谐的校园文化。积极开展“阜阳市网络文明示范校”创建活动，引导学生在校内科学使用手机。积极推行“三进”教学模式，即：企业进校园、师傅进课堂、学生进车间。学校坚持“全员高考”，严格按照大纲要求开设课程，注重文化课教学、强化技能训练，为学生参加对口高考、普通高考、自主招生奠定基础；针对选择就业的学生，学校推荐到县经济开发区、浙江、江苏、深圳、北京、上海等地企业就业。